Правила работы

Обратите внимание!


В 2024г. будут изменены правила пользования вычислительными ресурсами ЦКП Биоинформатика.

Все пользователи будут разделены на 4 категории:

    1. пользователи аффилированные с КГЦ ИЦиГ СО РАН
    2. пользователи-сотрудники ИЦиГ не аффилированные с КГЦ ИЦиГ СО РАН
    3. прочие пользователи —  сотрудники научных и образовательных учреждений  получающие доступ к вычислительным ресурсам ЦКП на основе договоров с ИЦиГ СО РАН.
    4. учащиеся образовательных учреждений

В зависимости от категории пользователя, будут определятся лимиты на доступные вычислительные ресурсы.

Регистрация пользователей и срок предоставления вычислительных ресурсов для пользователей категорий 2-4 будут определятся в рамках заявленных задач, либо в рамках действующих грантов и/или  Договоров об оказании услуг .

Доступ предоставляется только для выполнения ресурсоёмких вычислительных задач или в образовательных целях. Прочие услуги (например, долговременное хранение данных или запуск виртуальных выделенных серверов) не оказываются.
Пользователи ЦКП Биоинформатика обязаны предоставлять отчеты о работах. Доступ предоставляется на ограниченное, но достаточно большое время (до нескольких лет), с возможностью последующего продления. Для всех учётных записей действует процедура запроса отчетов и блокировки при их непредоставлении.

  • ЦКП «Биоинформатика», предоставляет доступ к своим ресурсам для научных и образовательных целей сотрудникам и учащимся ИЦиГ СО РАН и других научных учереждений РАН, а также сотрудникам и учащимся образовательных учреждений России в соответствии с Уставом ИЦиГ СО РАН.
  • Доступ предоставляется только для выполнения ресурсоёмких вычислительных задач.
  • Доступ предостовляется по протоколам SSH и SFTP/SCP к управляющему узлу кластера, с которого пользователи взаимодействуют со службами кластера.
Основные аспекты использования вычислительного комплекса:
  1. На кластере установлена система управления заданиями Slurm.
  2. Так же, на кластере установлена оснастка Lmod
  3. Рабочая временная область для файлов
Доступные очереди заданий:

common — узлы общего назначения (11 узлов х 128 потоков х 256Гб ОЗУ)

brain1 — узлы с большой памятью (4 узла х 256 потоков х 1Тб ОЗУ)

operation — узел с экста-большой памятью (1 узел х 256 потоков х 2Тб ОЗУ)

gpunode — узел с GPU (1 узел х 96 потоков х 512Гб ОЗУ, 4 x Nvidia Tesla T4)

Запуск задач на управляющем узле — категорически запрещен

Прежде чем начинать работать на кластере!

для биоинформатиков: установить Miniconda (скрипт установки находится в /home/prog/ ) в вашу домашнюю директорию, подключить bioconda, создать environments под задачу, установить туда ПО.
Необходимо запросить временный раздел для данных ws_allocate -m <your e-mail>  <label> <nday>   (памятка по командам:  https://www.mankier.com/package/workspace)
    Example: ws_allocate -m user@example.com work 10
эта команда вернет путь к разделу на который необходимо будет переместить данные для работы.
    <nday>  - количество дней  после которых система автоматически удалит раздел
Далее, перейти во временный раздел куда были перемещены данные.
Написать скрипт для sbatch
запустить.
После окончания всех работ, очистить временную область командой ws_release