В ЦКП имеется оптимальный набор секвенаторов второго поколения (NGS-секвенаторы), позволяющий выбрать необходимое методическое решение исходя из соотношений стоимость \ производительность \ качество. ЦКП предлагает широкий выбор различных методов и решений в области геномных и транскриптомных исследований.
Секвенатор Illumina Miseq – прибор для решения задач, требующих небольших объёмов секвенирования. Наборы v2 Nano дают до 1 млн чтений длиной 250 п.н., стандартный Kit v2 – 10-12 млн чтений.
Такие объёмы секвенирования оптимальны для решения следующих задач:
- Секвенирование ампликонов как альтернатива широкомасштабному секвенированию методом Сэнгера. Если вам необходим анализ сотен (96 – 480) ампликонов за короткий срок – разумнее сделать эту работу за несколько дней на секвенаторе MiSeq и получить высокодостоверные данные. В ЦКП ежегодно проводится секвенирование нескольких тысяч ампликонов.
- Секвенирование целевых (targeted) панелей генов человека, например, диагностических. Если вам необходимо быстрое секвенирование небольшого числа генов (2-20 генов) у нескольких человек, вам разумнее ориентироваться на секвенатор MiSeq. При необходимости мы поможем создать дизайн кастомной панели от китайского производителя Nanodigmbio либо российского Parseq. В ЦКП выполнено более 1500 анализов различных (ампликонных и гибридизационных) целевых панелей генов человека.
- Секвенирование метагеномов на основе ампликонов. Позволяет определить микробное разнообразие популяции с приемлемым уровнем точности. Мы на настоящий момент предлагаем секвенирование ITS района V3-V4.
Секвенатор Illumina NextSeq550 
Высокопроизводительный прибор, дающий 120 или 400 млн чтений длиной 2х150 п.н. и позволяющий получить 30 – 100 Гб данных. NextSeq550 использует современную двухкрасочную схему секвенирования, что даёт заметно большую скорость работы прибора и высокое качество получаемых данных.
Прибор обладает высокой гибкостью, может использоваться для секвенирования эукариотических и бактериальных геномов, транскриптомов, микроРНК, экзомов, целевых гибридизационных панелей, анализа метилирования ПНК.
NextSeq550 позволяет использовать нестандартные последовательности адаптеров в NGS-библиотеках с кастомными праймерами чтения основной встройки и баркодов.
1) мы выполняем генотипирование путём секвенирования (GBS) – относительно недорогой метод поиска и определения сотен тысяч информативных генетических маркёров в целях генотипирования, анализа скрещивания и селекционных работ для целого ряда хозяйственно ценных растений — пшеницы, ячменя, картофеля, сои и других.
Секвенатор Genolab M (производства GeneMind)
Этот высокопроизводительный прибор использует 4-х красочную технологию, аналогичную Illumina и позволяет использовать стандартные библиотеки для этой технологии. Genolab M имеет две независимо запускаемые ячейки, дающие 250 либо 500 млн. чтений и варианты длин от 1х75 п.н. до 2х150 п.н. Это позволяет получить 25-150 Гб данных.
Ключевым достоинством данного прибора является значительно сниженная стоимость расходных материалов по сравнению с оригинальными приборами Illumina.
С помощью Genolab M мы выполняем следующие работы:
- Секвенирование эукариотических геномов. За последние несколько лет в ЦКП секвенировано более трёх десятков геномов различных растений и беспозвоночных животных.
- Секвенирование малых геномов – геномы бактерий, дрожжей, митохондрий и пластид растений. За последние несколько лет в ЦКП секвенировано более трёх тысяч бактериальных геномов
- Анализ транскриптома и профилирование экспрессии генов. Эти работы выполняются исключительно с использованием высококачественных наборов (strand-specific \ directional), не приводящих к значительному ухудшению качества получаемых данных. В год ЦКП выполняет от нескольких десятков до сотен транскриптомных анализов.
- Секвенирование транскриптома de novo. Эта методика необходима для видов с неизвестным \ плохо анноированным геномом, равно как для поиска новых генов \ вариантов транскриптов у форм и сортов, показывающих необычные свойства по сравнению с референсным образцом.
- Анализ полного экзома человека. Позволяет определять новые полиморфные варианты \ мутации и их ассоциации с интересующими заболеваниями. За последние несколько лет в ЦКП секвенировано более шестисот экзомов человека.
- Секвенирование полных метагеномов даёт более точную информацию, чем анализ межгенного района кластера рибосомальных генов, и одновременно позволяет получить данные о биохимических особенностях отдельных видов в микробном сообществе
Ориентируясь на стоящие перед вами задачи, мы поможем подобрать наиболее рациональную стратегию выполнения ваших экспериментов. Это позволит оптимизировать расходы и достичь целей без излишних затрат.