В ЦКП имеются различные приборы, необходимые в ходе пробоподготовки для секвенирования.
Ультразвуковые соникаторы фирмы Covaris необходимы для генерации необходимого диапазона длин фрагментов ДНК при получении NGS-библиотек. Ультразвуковая фрагментация предпочтительней тагментации за счёт малочувствительности к загрязнениям, большей стабильности и равномерности спектра фрагментов. Является обязательным условиям при проведении Chip-Seq или HiC экспериментов. Даёт спектр фрагментов с максимумом в области от 100 до 600 п.н.
Covaris M220 – используются микропробирки объёмом 15 мкл, 50 мкл и 130 мкл. Позволяет обрабатывать небольшое количество образцов в гибком режиме.
Covaris ME220 – позволяет использовать как отдельные микропробирки, так и стрипы по 8 пробирок тех же номиналов 15 мкл, 50 мкл и 130 мкл. Существенно повышает удобство работы и экономит время при обработке 8-96 образцов, кроме того, даёт более выровненный пик фрагментов заданной длины.
Биоанализатор BA2100 – превосходный инструмент для анализа качества ДНК и РНК методом капиллярного электрофореза на чипе. Различные наборы реагентов оптимизированы под разные задачи.
2100 Bioanalyzer — общепризнанный стандарт для контроля качества ДНК в работе с секвенаторами следующего поколения. Алгоритм оценки целостности РНК (RIN, RNA integrity number) является «золотым стандартом» во всем мире.
Наборы для анализа ДНК:
| Название набора | High Sensitivity DNA | DNA 1000 | DNA 12000 |
| Диапазон размеров, п.н. | 50-7000 | 25-1000 | 100-12000 |
| Диапазон концентраций | 5-500 пкг/мкл | 0,5-50 нг/мкл | 0,5-50 нг/мкл |
| Число образцов | 11 | 12 | 12 |
Наборы для анализа РНК:
| Название набора | RNA 6000 Nano | RNA 6000 Pico | Small RNA |
| Качественный диапазон концентраций | 5-500 нг/мкл | 50-5000 пкг/мкл в воде | 50-2000 pg/μL фракции малых РНК (10-200 нукл.) |
| Число образцов | 12 | 11 | 11 |
Робот для раскапывания микрообъёмов Mosquito HV – идеальный робот, оптимизированный под задачи геномной лаборатории, способный точно дозировать реагенты в объемах в несколько раз (до 10) меньше, чем предусмотрено традиционными протоколами без ущерба качеству исследований. Используется в ходе проботодготовки библиотек для NGS секвенаторов и проведения RT-PCR на 384-луночных планшетах.
Позволяет оперировать объёмами от 100 пиколитров до 2 микролитров, о
Система принудительного вытеснения обеспечивает гарантированно высокое качество дозирования независимо от вязкости раствора. Одинаковая точность достигается при дозировании 70% этанола или 70% глицерина со стандартными настройками. Использование одноразовых наконечников защищает от риска кросс-контаминации.
Система автоматизированной селекции и переноса микробных колоний (бактериальных, дрожжевых, грибных) PM-2s Multi применяется для облегчения рутинной процедуры селекции клонов микроорганизмов, выросших на полутвердом (агаризованном) субстрате, и переноса их в стандартную лабораторную посуду (например, планшеты SBS-формата: 96-луночные, или 384-луночные) для последующего анализа (спектроскопического, генетического, ИФА, биохимического и др.).
Области применения:
белковая инженерия, направленный мутагенез;
белковая экспрессия, синтетическая биология;
скрининг суперпродуцентов;
трансформация и субклонирование;
фаговый дисплей;
секвенирование ДНК.
Сканер-денситометр \ фосфоимеджер PHAROS FX PLUS, Bio-Rad
Используется для визуализации и документирования окрашенных, флуоресцентных, люминесцентных и/или радиационно-меченых образцов на плоских носителях: гелях, блотах, пластинах и т.д.
Позволяет анализировать 1D и 2D электрофорезные гели; хемилюминесцентные и флуоресцентные блоты; образцы в многолуночных планшетах; пластины для ТСХ; возможна мультиплексная детекция образцов, меченых различными флуоресцентными красителями. Экран Imaging Screen-K (BaFBr:Eu), совместимый со стандартными рентгеновскими кассетами, позволяет детектировать образцы, меченые радиоизотопами: 32P, 33P,14C, 35S.